Hosszas keresgélés után sikerült megoldani a hibát Leírom, hátha más is belefut.
Mivel a frissítés valószínűleg nem tudott lefutni, a hibát az adatbázis verzió nem egyezése adta.
Javítása:
Megnézed az adatbázis verziószámát a Wordpressedben. wp-includes/version.php - $wp_db_version = 38590; (ez a szám 4.7.1 esetén értendő)
PhpMyAdminon - xxx_options táblában szerepel id=49 számmal db_version. Na ebben más szám szerepel, így beállítottam a version.php-ből kiolvasott számot, és "minden a helyére került"